1866年，他又指挥奇兵队打败了第二次征讨长州的幕府军，保卫了长州讨幕根据地。
1868年，在关系到讨幕维新运动成败的戊辰战争中，他任北道镇抚总督兼讨伐会津越后口总督的参谋，亲自率军征战，先后攻占长冈、若松等战略要地，为建立明治维新政权做出了重大贡献。
1869年，因“戊辰战争”有功，获得世代享禄600石的待遇。
山县有朋不但政治和军事上都优秀，甚至可以称得上是很有指挥能力的将军。
“撤出宇城！”山县有朋下令道。
众人以为听错了，一帮将军一起吼道：“将军大人。”
“撤退，没有听懂吗？我们守不住，既然守不住，就先退一步。”山县有朋怒道：“你们以为我不难过吗？等冬天，冬天明白吗？只有切断了华军几点的联系，集中优势兵力，我们才能更好的打击华军，华军都是重武器，到了冬天，他们的机动性就会打折扣。”
“是，将军。”一帮将领听了山县有朋声泪俱下的解释，所有人都红了眼圈，众人下去了。
“张旅长，先派军官团去打探一下，看看宇城有多少日本人？我预计是不下万人。”虽然做好了总攻的准备，但轩建章还是很沉着的下达了试探进攻的命令。
张轩一个立正，“好，我马上去安排。”
“时间紧迫，我们不能失去良机，以免落入华军的圈套，打的猛一点！”轩建章拍了拍张轩的肩膀。
“明白。”张轩笑道：“请师座放心。超过两万人，我们就以宇城外围的日本兵为主力，如果宇城内的兵力不足一万，我们就强攻宇城，我一定打探明白。”
“你强攻北门就可以，打下一座城门，城内的守军就全清楚了。”轩建章眯了眯眼睛。
张轩转身要走，被轩建章叫住了，“等一下。”
轩建章亲自斟酒一杯，郑重其事道：“这是为你践行的，这一次任务很重。”
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